La piccola chiesa di Santa Maria a Pernina è anch’essa di origine medievale, ma purtroppo del suo primo assetto è rimasto solo il portone tamponato che si affaccia su via Mazzini che presenta architrave monolitico, croce templare, e una Madonna con bambino in terracotta simbolo della comunità di Castel Santa Maria. L’aspetto interno attuale della chiesa è dovuto ai restauri della prima metà del XX secolo che le hanno tolto gli eccessi tardo barocchi. Il portale di ingresso su via Concini richiama lo stile settecentesco grazie al motivo del timpano spezzato. Al di sopra, una finestra accoglie una statua della Vergine in terracotta, opera del francescano Giuseppe Galli da Signa. L’interno della Chiesa, molto semplice, ha un’unica navata e soffitto a volta; le pareti laterali sono scandite da due finti portali in stucco, imitante la pietra e il marmo, caratterizzati dal motivo del timpano spezzato (XVIII sec.). Qui sono posti i cenotafi in marmo di personalità terranuovesi decedute in seguito all’epidemia di colera dell’Ottocento e sepolte sotto le arcate del santuario di Pernina (dove si trovano le medesime epigrafi). Al di sopra dell’altare maggiore c’è un dipinto a olio raffigurante l’Assunzione di Maria Vergine – a cui la Chiesa è dedicata – riferibile alla seconda metà del XVIII secolo. La fattura è abbastanza modesta e ripete modelli arcaici trasposti in un linguaggio quasi vernacolare. A sinistra dell’altare in un tabernacolo in pietra dipinta è inciso: Isti sunt sancti qui (va)verunt stolas suas in sanguine agni 1583. Questo sacro edificio è oggi chiamato Chiesa della Misericordia, che aveva sede nella canonica dal 1855 prima di essere trasferita poco tempo fa nella nuova sede di via Dante presso le “Cappelle del commiato”; qui sono state trasferite anche alcune opere d’arte che erano custodite in sacrestia.